A tanórák folyamán elsajátított szokásrendszer mellett a tanulókkal szemben támasztott magatartási, viselkedési szabályok (protokollok), azok oktatása és folyamatos kontrollja ugyancsak elemi feltétele a pozitív tanulási környezetnek és az eredményes pedagógusi tevékenységrendszernek. Egyszerre 25-30 tanuló, eszközzel, akár 4-6 tanulási állomáson végzett intenzív mozgásos aktivitásának folyamatos figyelemmel kísérése, a motivált, autonóm és biztonságos tanuláshoz szükséges alapvető fegyelmezettség megteremtése és fenntartása komoly felkészültséget, tudatosan alkalmazott módszereket, eljárásokat, stratégiákat igényel. Ez a tevékenységrendszer tanulható és ma már nagyszerűen kidolgozott módszertani fogások sajátíthatók el.

A tanórák érzelmi és fizikai biztonsága nagymértékben függ az osztály, azon belül a tanulók egyéni magatartásától. A magatartással kapcsolatos problémákért az oktatási folyamat mindkét szereplője lehet felelős. A pedagógus épp úgy, mint a tanuló. Rá kell mutatnunk, hogy a fegyelemmel kapcsolatos problémák felmerülését sok esetben sajnos a pedagógus tevékenységrendszerének, szervezési felkészültségének hiányosságai okozzák. A pedagógus rosszul megválasztott módszerei, az unalmas, fölösleges várakozási időkkel tűzdelt tananyagfeldolgozás, az inadekvát szervezési megoldások vagy éppen a kommunikációs félreértések sok esetben váltanak ki negatív válaszokat a tanulókból. A negatív tanulói válaszokra érkező ugyancsak rosszul megválasztott fegyelmezési reakció pedig méginkább ront a helyzeten. Könnyedén kerülhetünk a testnevelés tanítása közben olyan negatív spirálba, amely a pedagógiai önbizalmunkat csökkenti és végső soron akár a szakmánkkal kapcsolatos, alapvető alkalmassági kérdések is felmerülnek. A fegyelmezés kérdésköre a gyakorlati pedagógia egyik legnagyobb kihívása. Fontosságát az is alátámasztja, hogy a testnevelő tanárok pályaelhagyásának, kiégésének egyik kiváltó tényezője lehet [293].

A fegyelmezéssel kapcsolatban számos félreértés és mítosz érhető tetten a gyakorlatban. Ezek a félreértések egyrészt a tématerület gyenge pedagógusképzésbeli reprezentációjából, részben a generációról generációra örökített pedagógusi tévhitekben gyökereznek. Ilyen tévhit például, hogy a magatartás szabályozásának, a fegyelmezésnek a képessége csak a gyakorlati tapasztalat által tanulható meg, amelynek sajátos módszereit minden pedagógus önmagának alakítja ki [294]. Természetesen a tapasztalat rendkívül fontos, mint minden pedagógiai tevékenységben, de a tapasztalat a megtörtént eseményeken és a pedagógus módszertani felkészültségén alapul. A megfelelően felkészült, a módszereket és eljárásokat stratégiákba rendezni képes, koherens pedagógiai és pszichológiai alapelveken nyugvó gyakorlat elemi feltétele a tanulók magatartásszabályozásának.

Siedentop és Tannehill (2000) további három tévhitre hívja fel a figyelmet [197]. Az első, hogy a megfelelő tanulásszervezés mellett nem merülhetnek fel problémák. A második, hogy a gyerekek megfelelő magatartással érkeznek a különböző mozgásos foglalkozásokra, így a testnevelésórákra is. A harmadik, hogy minden gyermek automatikusan élvezi a testmozgást és lelkesen tanul a foglalkozásokon. Mivel mindhárom állítás hamis, ezért nincs más választásunk, mint olyan motiváló tanulási környezetet teremteni, amely támogatja és segíti a fegyelmezett magatartás kialakulását és fenntartását.